Μικροβίωμα είναι ένα πολύπλοκο οικοσύστημα που αποτελείται από 100 τρισεκατομμύρια μικροοργανισμούς εκ των οποίων το 90% βρίσκεται στο έντερο (500-1000 διαφορετικά είδη) και το υπόλοιπο 10% στο δέρμα, αναπνευστικό και ουρογεννητικό σύστημα.

Η σχέση μεταξύ του εντερικού μικροβιώματος και του γαστρεντερικού σωλήνα (ξενιστής) είναι συμβιωτική (αρμονική συμβίωση), καθώς και οι δύο έχουν ωφέλεια. Ο ξενιστής προσφέρει τόπο ανάπτυξης και διατροφής στα εντερικά βακτήρια, ενώ αυτά με την σειρά τους διευκολύνουν την βελτίωση της πέψης, την σύνθεση βιταμινών, την αναστολή ανάπτυξης άλλων παθογόνων μικροβίων, την ρύθμιση της λειτουργίας του ανοσοποιητικού. Όταν η ισορροπία διαταραχθεί (δυσβίωση: ποιοτική και ποσοτική αλλαγή του μικροβιώματος που μπορεί να οφείλεται σε διάφορους παράγοντες π.χ. διατροφή, περιβάλλον, φάρμακα, στρες, κάπνισμα), δημιουργούνται παθολογικές καταστάσεις όπως φλεγμονώδεις παθήσεις, μεταβολικές διαταραχές, σύνθεση καρκινογόνων ουσιών κ.ά.